Egger-Lienz hieß bis zu seiner Adoption 1877 durch Georg Egger Albuin Ingenuin Trojer. Später fügte er seinem Namen Egger noch den Namen seiner Heimatstadt Lienz an. Die Malerei erlernte er zuerst von seinem Vater, einem Kirchenmaler, und studierte dann an der Münchner Akademie. 1899 heiratete er Laura Egger-Möllwald, die Tochter eines Regierungsrates und zog nach Wien, wo er Mitglied des Künstlerhauses, 1909-1910 auch der Wiener Secession wurde. Seine Berufung zum Professor an der Akademie der bildenden Künste in Wien wurde 1910 von Thronfolger Franz Ferdinand von Österreich-Este verhindert. Als man ihn später (1919 und 1925) erneut berufen wollte, lehnte der Künstler selbst ab. 1911/12 nahm er eine Professur an der Hochschule für bildende Kunst in Weimar an, das er 1913 schon wieder verließ, um sich endgültig in St. Justina bei Bozen niederzulassen, wo er 1926 starb. Im Sommer lebte er meist im Ötztal. Egger-Lienz wurde in der Kapelle des Bezirgskriegerdenkmales in Lienz begraben.